Die Schulpsycholgie definiert Dyskalkulie folgendermaßen:

Die Rechenstörung wird multikausal verursacht.

Neben genetischen Faktoren begünstigen auch neuropsychologische Störungen, Hirnreifestörungen, psychosoziale sowie didaktische Faktoren eine Dyskalkulie.

Überlappende Faktoren - wie individuelle Charakteristika aus unüblichen Mustern der Hirnentwicklung, unangemessene oder unpassende Beschulung und ein Mangel an Erfahrung mit mathematischen Inhalten im vorschulischen Alter - können als Ursachen beschrieben werden. Ungünstige Einflüsse im Bereich Eltern-Kind- oder Lehrer-Kind-Interaktion kommen dann meist hinzu. Schwierigkeiten vieler rechenschwacher Kinder und Jugendlicher, Fakten aus dem Langzeitgedächtnis abzurufen, können auf kognitive Defizite zurückgeführt werden und nicht auf mangelnde Übung, geringe Motivation oder niedere Begabung.

Neuere Literatur geht von einer zugrunde liegenden angeborenen Störung im Verstehen numerischer Konzepte aus, im Speziellen des Zahlbegriffs - ein Inhalt, welcher unabhängig von anderen Fähigkeiten ist. Es wird vom Existieren eines „Zahlenverarbeitungsmoduls“ ausgegegangen, welches sich im Parietallappen befindet. Die Ursache für eine Dyskalkulie ist deshalb am ehesten in einer Störung dieses Moduls anzunehmen.